Ce sont les moines de l'île d'Aix, qui ont édifié l'église Saint- Barthélemy en 1217. Au XVIè siècle, les religions catholique et protestante cohabitent dans l'église: les curés et pasteurs se partageaient l'usage du lieu de culte. En 1568, pendant les guerres de religion, l'église Saint-Barthélemy est détruite, mais son clocher est conservé en raison de son utilité militaire.

Sa construction, au lendemain de la libération de la domination anglaise en 1372, symbolisa la souveraineté de la ville. Cette tour, la plus importante des trois sur le port de la Rochelle, avait un rôle de protection contre les dangers venant de la mer. Elle servait de point d’attache à la lourde chaîne qui la reliait, le soir, à sa tour soeur.

Cʼest à cette tour, datant du XIVè siècle, qu’était fixée le soir la fameuse chaîne la reliant à la tour Saint-Nicolas et qui fermait chaque nuit le passage du port aux navires. La Tour de la Chaîne a aussi fait office de poudrière. Dans le cadre du 400è anniversaire de la fondation de la ville de Québec, elle propose depuis mai 2008, une exposition permanente dédiée à la migration vers la Nouvelle-France.